1. 光路不同：原子吸收光源、原子化器和检测器在一条光路上;原子荧光为垂直光路。
2. 原理不同：原子吸收利用原子的特征吸收光谱;原子荧光则利用原子的激发-跃迁光谱(荧光)。

3. 灵敏度不同：对于原子吸收，增加光源强度同时会增加背景吸收，而原子荧光信号强度与激发光源强度成正比，故灵敏度可以极大提高。

总的来说，从其用途上，原子荧光检测的项目具有局限性，现只能检测砷、汞等十一种元素。原子吸收的检测面比较广。它只能检测在常温下能够生成气态氢化物的、能够发射荧光的元素，所以测定元素有限，但是凑巧的是，那些元素很重要，用原子吸收来检测很费劲，所以就有了应用的价值。原子吸收属于吸收光谱，原子荧光虽然仪器结构上与原子吸收相似但是原子荧光属于发射光谱，只是属于光致光，这就是原理上的区别。