质谱分析是一种测量离子质荷比的分析方法，其基本原理是使试样中各组分在离子源中发生电离，生成不同荷质比的带电荷的离子，经加速电场的作用，形成离子束，进入质量分析器。在质量分析器中，再利用电场和磁场发生相反的速度色散，将其分别聚焦而得到质谱图，而确定其质量。

　　质谱技术是一种鉴定技术，在有机分子的鉴定方面发挥非常重要的作用。它能快速而极为准确地测定生物大分子的分子量，使蛋白质组研究从蛋白质鉴定深入到高级结构研究以及各种蛋白质之间的相互作用研究。

质谱中一级质谱，二级质谱的区别：

1、显示目标不同。

一级质谱主要是给出目标物的分子量，二级质谱可以看出目标物的部分碎片，可以对目标物的结构进行分析。

2、等级不同。

一级质谱为一级，二级质谱为二级。

作用：

一级质谱：检测所有带电离子的质荷比和强度，形成一级谱图。一级质谱中的信号为母离子肽段信号。

二级质谱：按照一定方式选择母离子肽段，将其进一步解离，分析所形成的子离子的质荷比和强度。