分子动力学(Molecular Dynamics，MD)是一种基于物理、数学和化学原理的综合分子模拟方法，主要利用牛顿力学来模拟分子体系的运动，从由分子体系的不同状态构成的系综中抽取样本，计算体系的热力学量和其他宏观性质。通过该方法，科学家不仅可以研究凝聚态系统，还可以引入量子力学方法从而扩展研究领域到反应机理的研究。作为一种计算机模拟实验方法，分子动力学模拟已成为研究,凝聚态系统的有力工具。通过模拟，研究者可以获取体系原子的运动轨迹，观察微观细节，深入理解生物大分子的运动与生物功能、蛋白-小分子之间的相互作用机理，以及纳米材料分子的自组装过程。分子动力学模拟在理论计算和实验方法之外提供了另一种研究手段，广泛应用于物理学、化学、材料科学、生物医药等科学和技术领域。

常用软件：gromacs，lammps，amber等

可以计算的内容：
1、蛋白三维模型搭建(同源建模、从头建模)
2、分子对接，如蛋白、多肽、化合物、多糖、脂、醇、金属、纳米材料、骨架材料、聚合物等生物材料的对接

3、氨基酸突变(修饰、金属离子溶液中、膜体系、配体通道、多肽设计、多肽种植、纳米颗粒互作、多肽自组装!共组装、蛋白拉伸、穿膜、cphmd、有机生物材料等大体系动力学模拟
4、分子自组装模拟、粗粒化模拟、耗散粒子模拟、电解液溶剂化模拟、合金压缩拉伸模拟、金属螯合、复合材料性能模拟、界面吸附等材料类动力学模拟。

5、动力学后数据分析，如回旋半径(RMSF)、径向分布函数(RDF)、扩散系数、RMSD、各种能量分析、氢键数量分析、亲疏水性分析等

6、药物相关模拟，如药物行生物库设计、网络药理学、生信分析、虚拟筛选、反向找靶、成药性预测、毒性分析、QSAR预测模型构建等,