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项目介绍通过DNA测序对微生物进行物种鉴定（菌种鉴定）是比传统生化鉴定更先进的鉴定方法。DNA测序不依赖菌种本身特点，对所有菌种均可使用。比传统生化鉴定更加快速，准确。钟鼎生物技术公司提供的微生物物种鉴定服务包括细菌16srDNA鉴定和真菌26srDNA鉴定、真菌ITS鉴定，通过PCR扩增16SrDNA或26SrDNA片段，测序后在GeneBank或者Eztaxon对比即可。一般序列相似度在97%以上就可以认为是同种菌种。钟鼎生物技术通过大量实验优化的通用引物适用于99%以上的微生物，鉴定成功率在95%以上。
样品要求
菌株鉴定的送样要求
菌株鉴定的送样要求 可以接受单一菌落/菌液/菌株基因组DNA溶液鉴定，需要客户提供纯化后的菌株。
1 对数生长期菌液要求
1.1OD600=0.6-0.8， ≥2mL，请确保您提供的菌液经过平板或斜面上的单菌落分离。
1.2从单菌落接种的2mL以上肉眼可见混浊的菌液，也可以是从平板收集的菌体，重悬于无菌生理盐水或者PBS缓冲液，但前提均是纯化菌株。
1.3常温运输。
1.4不接受具有致病性的样品。如果菌株带有致病性，请提供菌株的基因组DNA溶液。
2 新鲜平板/斜面/穿刺菌
2.1 新鲜平板须长有分离的单菌落，斜面/穿刺菌请确保送测样品由单菌落培养而来。
2.2 平板/斜面/穿刺菌一定要做好密封（可使用封口膜或保鲜膜充分缠绕密封），密封后必须使用报纸或泡沫包裹，以防运输过程会出现染杂菌、受到振荡/挤压破裂变形等问题。
2.3 常温运输。
2.4 不接受具有致病性的样品。如果菌株带有致病性，请提供菌株的基因组DNA溶液。
3 基因组DNA溶液
3.1 浓度≥50 ng/μL，总体积≥10μL，且纯度达标（OD260/OD280在1.6-1.8之间）。
3.2 干冰运输。
结果展示
常见问题-
菌种鉴定可以鉴定到种吗？
16s rRNA作为菌种鉴定相似度超过97%一般定义为同一种菌。
如果是sanger测序获得16s全长的都可以鉴定到种，甚至能区分亚种。有些细菌并不只有1个16s序列，会包含有1-15拷贝的16s序列，所以单一的16s序列鉴定可能会出现偏差。利用高通量如454或miseq测序一般由于读长的缘故，通常只有300-500多个碱基被测序，所以在物种鉴定上一般比较可靠的是能分类到属，部分能分类到种。
根据我们的经验，不同的样品会有大约10-50的菌能分类到种。利用新的分析方法，我们现在也可以利用16s rRNA的群落多样性高通测序数据进行亚种级别的分析。主要是利用16s中共同变化的SNP位点进行分型。这样可以大大提高菌种的分类精度，尤其是在有些菌株之间表型差异巨大的时候。
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文献中未知菌鉴定中有菌落特征的观察，为什么不指明用何种培养基、培养基状态（固、液）及培养条件（时长、温度）？
不同类型的菌在不同培养基上有显著牲，尤其在显色培养基上，更能一目了然，有辅助判定的作用；但未知菌无法确定在哪种培养基上生长好，以及生长条件等，所以食品安全控制中着重检致病菌，比如检验是否有空肠弯曲菌，有一整套方法，42度，微厌氧条件比较合适，还要增菌；但未知菌不可能把这些条件都尝试一下，我们的方法是全用营养琼脂培养，如果需氧条件下不长，就再实验一下厌氧条件，35度左右培养，时间以长出合适实验的菌为宜。
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微生物的菌种鉴定可以鉴定到“株”一级吗？
如果菌株是自然界中分离得到，就只能鉴定到种，不能鉴定到株，因为多多少少和其他株系的细菌有区别，即便你做了一些特征的鉴定，发现和某一株细菌一模一样，你也没有理由说你的细菌就是那一株细菌，因为你不可能把所有的特征都做完，株和株之间的关系就相当于不同的人之间的关系，世界上不可能有完全相同的两个人。除非你知道你的细菌本来就是某一株细菌扩增出来的（而且要保证没有变异，否则就是一个新株），可是这样就没必要鉴定了。
