正常情况下，杂交后的探针如果能保存适当，荧光信号能保持半年以上。出现短时间衰减的情况主要是因为操作观察过程中或是探针的保存过程中没有采取严格的避光措施。      阳光或是强的灯光都会时都会使荧光染料发生急剧的淬灭，从而造成了观察结果的不确定。因此在操作和观察时，尽可能在暗室中操作，也可在封片观察时加入一定的抗淬灭剂以延缓荧光素的淬灭。

FISH受光照、温度、湿度和各种试剂的pH影响。温度和湿度直接影响探针与目标DNA的杂交效率；光照影响了荧光染料的强度，所以探针要避光保存，已经杂交的片子可用荧光淬灭剂封片且避光保存；各种试剂pH也要精确达到要求，这会直接影响FISH的稳定性。

FISH是一种利用荧光标记DNA探针来检测一般在常规染色体显带检查的分辨率之外的基因变异的常用技术；其原理是基于单链DNA分子的识别并结合至中期染色体或间期核中的互补序列。 探针和靶DNA用热甲酰胺溶液处理，使双链DNA变性。然后，探针与靶DNA在37℃下孵育，以通过探针与靶序列互补碱基配对来退火。配备适当滤镜的荧光显微镜被用于检测目标物质上有无明显信号的杂交探针。同一目标可同时用不同颜色荧光标记的多个探针，以检测基因组的一个或多个特定区域。        FISH经常在培养细胞的分裂中期染色体上进行，使探针信号直接定位到染色体上，以检测染色体的先天或获得性改变。FISH也可用于不分裂细胞的靶基因组序列，以识别细胞周期阶段无关的染色体畸变。这种技术称为间期FISH（interphase FISH，iFISH），用于多种临床标本的染色体计数和染色体重排的鉴定。